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我国科学家创建植物微卫星DNA发掘与应用基础平台

中国农科院油料所芝麻与特色油料遗传育种创新团队在国际知名学术刊物《核酸研究》(Nucleic Acids Research)发布了植物微卫星DNA及其标记开发数据库PMDBase。该数据库的创建和共享将为全球作物功能基因组学和分子育种研究提供全面的、便利的基础平台。

微卫星DNA,也称为SSR,是涉及许多重要生物功能的基因组成分,已被广泛地应用于作物基础研究,包括遗传多样性、连锁和关联作图、标记辅助选择、品种鉴定和进化分析等。

据介绍,该团队开发了一套便捷高效的微卫星DNA位点鉴定及分子标记开发流程,对截至目前已完成基因组测序的110个植物进行了鉴定,共发掘微卫星DNA位点26,230,099个,并为每个位点开发了3对引物。用户可获取目标物种有用的微卫星DNA位点和引物信息,以及每个位点所属物种、位置、起止、类型、大小以及序列信息。用户可以利用数据库进行微卫星DNA位点在线鉴定及分子标记在线设计。该数据库还提供了多种检索方式和下载功能,所有数据和分析结果都可下载。

该数据库为全球研究者们提供了在线的、友好的、便利的植物微卫星DNA鉴定平台,同时还整合了在线微卫星DNA鉴定网络服务,是目前国际上涵盖最多植物物种和信息最全面的综合性数据库,填补了同领域相关研究空白。

该研究得到国家自然科学基金、中国农科院创新工程和所长基金等项目的支持。芝麻与特色油料遗传育种创新团队的于景印博士为论文第一作者,团队首席张秀荣研究员为论文通讯作者。

数据库链接:http://www.sesame-bioinfo.org/PMDBase/

论文链接:http://nar.oxfordjournals.org/content/early/2016/10/12/nar.gkw906.long

文章转载自http://www.oilcrops.com.cn/ArticleView.aspx?id=2152

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